Die Einfuhrumsatzsteuer wird in Deutschland grundsätzlich auf alle Waren erhoben, die aus Drittländern in die Bundesrepublik eingeführt werden. Es besteht allerdings eine Freigrenze von zur Zeit 22 Euro, unter der keine Einfuhrumsatzsteuer fällig wird. Analog zur normalen Umsatzsteuer in Deutschland beträgt auch der Satz der Einfuhrumsatzsteuer 19 Prozent beziehungsweise 7 Prozent bei steuerermäßigten Waren wie beispielsweise Lebensmittel, Bücher etc.
Der Warenwert, auf den die Einfuhrumsatzsteuer erhoben wird, errechnet sich dabei aus dem Kaufpreis, den gegebenenfalls aufgeschlagen Zollgebühren, der ebenso gegebenenfalls berechneten Verbrauchssteuer sowie eventuelle erhobener innergemeinschaftlichen Beförderungskosten. All diese Kosten zusammengerechnet ergeben die Bemessungsgrundlage für die Einfuhrumsatzsteuer, die anschließend mit dem Steuersatz multipliziert wird. Als Ergebnis erhält man den Einfuhrumsatzsteuerbetrag.
Der deutsche Staat hat im Jahr 2007 durch die Einfuhrumsatzsteuer circa 41 Milliarden Euro eingenommen. Für die Erhebung der Einfuhrumsatzsteuer gelten grundsätzlich die Vorschriften, welche ebenfalls für die Erhebung von Zollgebühren bindend sind.
In den letzten Jahren ist allerdings immer wieder Kritik an der Einfuhrumsatzsteuer in Deutschland laut geworden, da sich der zu zahlende Steuerbetrag hierbei nicht nur auf den Warenwert an sich, sondern auch auf diverse Dienstleistungen, zum Beispiel zum Transport der Ware, bezieht. Kritiker fordern immer wieder, dass diese Zusatzkosten steuerlich nicht berücksichtigt werden und sich die Einfuhrumsatzsteuer nur noch auf den Warenwert an sich beziehen sollte. Der Zoll als Abfertigungsunternehmen war jedoch bisher nicht in der Lage, die entsprechende Kostenaufteilung für die Waren eigenständig vorzunehmen. Umgehen lässt sich dieses Manko lediglich dadurch, dass für die betreffende Ware zwei Kostenteilungen vorgenommen werden, eine bis zur Einfuhrgrenze, die andere ab der Einfuhrgrenze nach Deutschland. Diese Kostenteilung muss dann allerdings auch auf der Rechnung zur Ware explizit ausgewiesen werden.
Probleme gibt es außerdem dann, wenn Sendungen nach Deutschland eingeführt werden, die sowohl zollfreie als auch nicht zollfreie Waren enthalten. Insbesondere die Beförderungsentgelte, welche von den entsprechenden Dienstleistern erhoben werden, müssen hierbei voll besteuert werden, obwohl die Einfuhrumsatzsteuer laut Gesetz nur auf die nicht zollfreien Waren erhoben werden darf. Steuerpflichtige haben in diesem Fall die Möglichkeit, einen Protest gegen den entsprechenden Zollbescheid einzulegen und die Klärung der Kostenaufteilung zu fordern.
